La MISEN est l'instance de coordination entre services de l’État et établissements publics, chargée de la déclinaison départementale des politiques de l'eau et de la biodiversité pour le compte du Préfet, dans le but d’améliorer l’efficacité, la cohérence et la lisibilité de l’action publique.

Afin de répondre de la manière la plus adaptée à ces objectifs, la Mission Inter-Services de l’eau et de la nature créée par

, est organisée autour de trois niveaux de réflexion et de concertation :

• Le comité de pilotage stratégique sous l'égide du Préfet et en présence du Procureur de la République, analyse le bilan de l’année écoulée et valide son programme de travail annuel concernant le programme d’action et le plan de contrôle inter-services
• Le comité permanent regroupant les chefs de services membres de la MISEN qui a pour mission de faire des propositions au comité stratégique et de décliner de façon opérationnelle le programme de travail
• Les groupes techniques thématiques selon les sujets abordés

Le plan d'action stratégique pluriannuel (PASEN) 2016-2018 de la MISEN identifiait les enjeux départementaux et les axes de travail suivants : la nature ordinaire, la gestion des espaces remarquables ou protégés, la reconquête de la qualité de l'eau et des milieux aquatiques et le partage de la ressource, la gestion intégrée des cours d'eau, la structuration de la gouvernance et la communication.

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Annexes cartographiques :

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Le comité stratégique de la MISEN du 6 février 2019 a souhaité lancer une réflexion afin de prioriser son action, renforcer son volet opérationnel, favoriser une animation partagée par ses membres et renforcer l'association de ses partenaires extérieurs.

(Une Feuille de route stratégique de la MISEN validée par le comité stratégique en décembre 2020, identifie les thématiques et actions opérationnelles pour les années 2021 et 2022 sur lesquelles une coordination de la MISEN est apparue comme prioritaire. Elle a été établie sur la base des orientations nationales et régionales et en intégrant les [enjeux Eau et les enjeux de Biodiversité spécifiques au département.

Cette nouvelle feuille de route s'inscrit dans la poursuite de la mise en œuvre des axes et objectifs définis dans le PASEN tout en concentrant son action sur des thématiques où la plus-value de la MISEN a été jugée prioritaire au regard de l'enjeu territorial ou du besoin de coordination :
nature et biodiversité
gestion quantitative de la ressource en eau
captages et pollutions diffuses
continuité écologique)]

Composition de la MISEN:
Parquet
Direction départementale des Territoires (DDT), chef de la Mission Inter-Services Eau et Nature
Préfecture de la Côte d'Or
Direction départementale de la Protection des Populations (DDPP)
Direction régionale et départementale, Jeunesse, Sport et Cohésion Sociale de Bourgogne-Franche-Comté (DRDJSCS)
Direction régionale de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement de Bourgogne-Franche-Comté (DREAL)
Direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement Auvergne-Rhône Alpes (DREAL police de l’eau sur l’axe Saône)
Agence régionale de Santé (ARS)
Direction régionale de l’Agriculture, de l’Alimentation et de la Forêt (DRAAF)
Gendarmerie Nationale
Office Français de la Biodiversité (OFB)
Office National des Forêts (ONF)
Parc national de forêts
Agence de l’Eau Seine -Normandie (AESN) : Direction Seine amont
Agence de l'Eau Rhône Méditerranée Corse (AERMC) : Délégation de Besançon
Agence de l'Eau Loire Bretagne (AELB)

En fonction des thématiques abordées et du niveau de formation convoquée (comité stratégique, comité permanent, groupe technique), la MISEN peut être élargie à d’autres organismes ou institutions : Parquet, conseil départemental, collectivités, établissements publics, associations environnementales, syndicats de bassins, association d’usagers, chambres consulaires, experts, etc.

À noter que la MISEN de Côte d’Or comporte un groupe de travail technique dédié à la coordination des missions de contrôle. La mission de coordination inter-services des polices de l'environnement (MIPE) est chargée :
d'élaborer le plan de contrôle, de suivre son déroulement et de proposer à la MISEN les mesures éventuellement nécessaires à l'atteinte des objectifs
d’assurer le lien avec le Parquet dans le cadre de la mise en œuvre du protocole d’accord quadripartite